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胡锦涛总书记在全国科学技术大会提出：“到2020年，使我国的自主创新能力显著增强，科技促进经济社会发展和保障国家安全的能力显著增强，基础科学和前沿技术研究综合实力显著增强，取得一批在世界具有重大影响的科学技术成果，进入创新型国家行列”。
作为南京大学的一个院系，我们应该“从新世纪新阶段我国经济社会发展的战略全局出发”，围绕学校创建高水平大学的中心任务，扎扎实实做好人才培养、科学研究和社会服务工作，走出一条具有自身特色的自主创新之路。
首先，要做好深入的调查研究。调查研究国内国际同类系科的情况，从而找出自身的特长和不足，并以此为出发点，开展各项工作。近些年来物理系在校领导和学校各部门的关心和支持下取得了一些成绩。但是，面对国内其他高校相关系科发展的风起云涌，面对世界高水平大学相关系科的建设标准，面对学校期望和要求，我们还有许多的不足，极其需要冷静理性地做好调查研究和比较工作，特别是要继承和发扬物理系党政团结协调的优良传统，牢固树立政治意识、全局意识、责任意识，增强团结协作精神，正确处理好个人利益与集体利益的关系，局部利益和整体利益的关系。在任何情况下，都应当将集体的利益放在首位。不但要努力提高思想境界登高望远，着眼未来谋划大事；更要做好科学管理的基础性工作，建章立制，优化人力和物力资源配置使其发挥更大的效益，巩固物理系和谐可持续发展的好局面。其次，要找准院系在学校乃至国家目标下的社会化分工的核心内容，坚持有所为有所不为，实现重点突破跨越。大学的院系不是政府部门、企业，自身的专长和承担的社会使命是特殊的。因此我们要找准自身的社会分工位置，坚持以国家目标为导向开展科学研究，坚持以培养优秀的创新型人才为教育目标，坚持以自身的科学研究能力和背景为社会经济发展提供支持。充分发挥自身的特色和专长，实现跨越式发展。第三，广泛地吸取各方面意见，科学制定发展规划，开展务实的工作。我们必须加倍努力工作，从科学制定发展规划着手，明确发展目标，着力培养自主创新能力。“985”工程二期和微结构国家实验室建设，是关系物理系今后发展的重要战略机遇。我们要紧紧抓住这个重要战略机遇期，瞄准国家目标，力争有所作为。我们还要结合我系的基础条件和物理学科发展趋势，科学规划学科布局，发展优势学科，培育新兴学科，特别要关注面向技术创新的新领域，并争取在相关领域取突破。同时，我们也要关注细微缓变的具体科研领域的变化和发展趋势，从中发现苗头性或是启发创新的源头性工作，力求发现新的科学研究生长点。第四，坚持以人为本，打造院系的创新文化，努力培育院系的创新精神。我们要进一步加强学风和系风建设，弘扬主旋律，使我系良好的学术氛围和工作环境得到进一步发展。充分调动全系师生员工的积极性、主动性和创造性，发扬敬业奉献精神。我们要努力拓展年轻人发展的空间，形成有序竞争、和谐发展的态势。我们要积极关注师生方方面面的“小事”，真心作实事，从而为我系营造团结协作、积极向上的和谐氛围。我们要贯彻“以人为本、和谐创新”的理念，切实抓好物理系文化建设，重视共青团、工会、学生等基层组织的重要作用，广泛开展多种形式的活动，增进教师和教师、学生和学生、教师和学生之间的沟通和理解；倡导团结协作、有序竞争，营造和谐的文化氛围，在此基础上形成物理系的文化特色，从而为我系各项事业的可持续发展奠定厚实的文化基础。
院系的发展关键在于人才，在于人才成长和发挥才智的环境。我们要进一步加强人才队伍建设，积极开展人才引进工作。我们还必须充分利用现有的人才资源优势，努力拓宽人才成长的空间，鼓励青年科学研究工作者积极追踪科学研究的前沿课题。通过对科研队伍建设的建章立制，建设物理系的科学研究和人才培养机制，提升人才培养与科学研究活动的组织和队伍建设的国际化水平。
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