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南京是中华民国临时政府所在地，是中华民国国民政府的首都。南京大学历史系的部分教师从20世纪70年代中期开始，即充分利用独特的地缘优势及档案资料的优势，联合当地的学者共同开展中华民国史的学术研究。1983年在历史研究所内建立民国史研究室，成为中国大陆地区最早从事中华民国史研究的学术单位之一。南京大学参与发起召开的第一次（1984年）、第二次（1987年）中华民国史学术讨论会和张宪文教授主编的《中华民国史纲》（1985年），在海内外学术界引起强烈反响。南京大学在中国大陆地区高等院校中最早招收培养中华民国史专业硕士、博士研究生，其学术研究与人才培养在国内居领先地位。
1993年6月，南京大学中华民国史研究中心正式成立。由张宪文教授担任主任，同时还聘请了海内外在民国史研究领域卓有成就的一批著名学者担任客座教授。中心的主旨是加强海内外学术联系与交流，提高研究水平，进一步推动民国史研究的发展。中心成立后，编辑出版了高水平的学术刊物《民国研究》（已出版12辑），深得海内外同行好评；出版了《蒋介石全传》、《中华民国史大辞典》、《中国抗日战争史（1931-1945）》等一批高水平的学术著作；主办了第三次（1994年）、第四次（2000年）中华民国史国际学术讨论会，接待了海内外的大批访问学者、进修生和研究生，中心师生也多次赴欧美、澳洲、日韩等国家及台港澳地区进行学术访问与交流。民国史中心在国内外学术界的影响日益扩大。
2000年9月，南京大学中华民国史研究中心被批准为教育部普通高等学校人文社会科学重点研究基地。在研究项目、经费和人才培养方面，均获得重点扶持。以此为契机，中心坚持“科研型”、“开放性”、“国际化”的原则，积极调整、整合中国近现代史学科的力量，并吸纳海内外学者来中心兼职，先后承担了16个教育部基地重大项目和教育部重大课题攻关项目《民国史研究》；推出了一批具有学术前沿水平的标志性成果，如《中华民国史》（四卷本）、《抗战前后之中英西藏交涉（1935-1947）》、《国民党政治与社会结构之演变（1905-1949）》（三卷本）、《南京大屠杀史料集》（55卷）等。以《南京大屠杀史料集》为例，该书受到中央领导和中央有关部门的高度评价，并引起日本外务省和防卫省的关注。它还入选为南京大学文科“211工程”二期的三项标志性成果之一，受到验收专家组的高度评价；2006年7月，中心又在蒋氏故里主办了“第五次中华民国史国际学术讨论会”。并与美国哈佛大学、伊利诺大学，英国的剑桥大学、布里斯托尔大学，澳大利亚国立大学、拉筹伯大学等海外著名高校展开了密切的学术合作。
经过30余年的建设与发展，南京大学中华民国史研究中心已颇具规模，在中华民国政治史、中华民国社会与经济史、中华民国对外关系史等方向优势明显，并在学界形成鲜明的治史特色：其一、勇开风气之先。我们是大陆地区最早从事中华民国史资料整理开发与学术研究的机构之一，在大到民国史的体系与研究对象、北洋政府与国民政府的评价、抗日战争史等重大问题，小到具体历史事件、历史人物、典章制度研究与史料考订等方面，都勇于开拓探索，走在了学术研究的最前列，填补了一个个的空白。其二、治史严谨。民国史研究很热门也很敏感，日益成为“显学”，但我们不哗众取宠，坚持实事求是的科学态度，客观公允地评价历史事件与人物。其三、史料扎实。研究中重视史料，尤其是利用档案资料，使研究成果言之有据，基础扎实。大量的原始资料，与学术界分享资源。其四、视野开阔。不仅重视政治史、经济史，也注重中外关系史、社会史等，其研究成果涉及民国时期的每个时段与每个方面。其五、兼收并蓄。既注意吸收人文社会科学其他研究领域的新理论与方法，也注意与海外学者的交流互动，积极组织与参与海内外的各种学术交流。其六、团结协作。摆脱了家庭手工作坊式的孤立研究，针对学术上的重大问题，提倡进行集团式合作研究，或联合举行研讨会，或共同出版著作，取得了一批具有重要影响的大型研究成果。在强调合作的同时，我们也鼓励自由发展。中心的学术环境相当宽松，发挥出每位学者的智慧是我们一贯的追求。通过这种团队合作，中心一批中青年学术带头人脱颖而出，在国内外学界的影响力不断提升，使中心步入可持续发展的轨道。
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