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在新的历史时期，南京大学在实现跨越式发展和建设一流大学的奋斗过程中，进一步改革科研体制，成为继续前进的关键。这是因为研究型大学的核心竞争力主要表现在科研能力和科研水平方面，它是一流大学的最基本标志。
人们常说，一流大学的基础，是有一批一流学科，而一流学科的建成，要有高水平的科研成果和实力强大并充满活力的科研队伍。
除理科外，百年南大的人文社会科学也曾经声誉显赫、威震四方，有一批名扬海内外的大师和备受人们称赞、羡慕的研究方向和成就。可是，1952年的院系调整后，新的南京大学文科只剩下中文、历史、外语三个系科，失去了昔日的辉煌。
改革开放，给南京大学的文科带来了新的发展机遇和希望。30年后的今天，南京大学的文科已茁壮成长、春色满园、充满生机。然而，齐全的文科院系，仍缺乏“参天大树”和站在国际前沿、拥有充分话语权的学科。
为了重振雄风，再现昔日风采，并赶上时代潮流且有新的创造，南京大学文科必须突破和改革现有的科研体制。
第一，凝炼科研方向，围绕学科发展前沿和国家战略需求，有针对性地开展高水平的科学研究。要选择若干个（譬如七、八个）有实力或有潜力的学科或大的研究方向，给予支持和培育，使其在不太久远的未来，成为在国际上有强大学术影响力的“参天大树”。这些学科要着力抓好本学科奠基性和引领性的学术研究，使其牢牢地站在学科前沿。
第二，改革科研队伍，形成新的组合。传统文科习惯于自由、零散的个体科研模式。这在信息快速发展、科研手段不断更新、竞争十分激烈的时代，已经严重制约着学术的进步。南京大学的文科应重组科研队伍，形成若干个有发展前途的高水平学术团队或科研基地，开展集体攻关，抢占学术高地，建立南京大学强大的学术优势。
第三，改革文科资源配置，形成有效的竞争机制。科研资源是开展大型科研项目的基础。文科单靠寻求校外支持或申请国家社科基金那点微薄的经费，是难以获取重大成果和实现建设强大文科目标的。学校必须调整资源配置，对选定的重大学科方向，在人力、财力上给予强力支持，在经费上给予稳定的投入。同时，建立有效的竞争制度，实行“强者上、弱者下”的动态机制。鼓励大家争上游，创成绩。
第四，改革文科科学研究的管理体制，建立指导学科发展的咨询机构，以监督、考察、考核各培育学科的运行和发展。在经费使用、科研队伍建设等方面，学校领导应积极考虑咨询机构的建议。
总之，改革文科科研体制，促进南京大学人文社会科学的大发展，已刻不容缓。
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