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自然，于科研人员而言广泛熟知着《自然》（Nature）一刊。作为世界上历史悠久、最有名望的科学杂志之一，于1869年由约瑟夫・诺尔曼・洛克耶爵士（Sir Joseph Nor-man Lockyer，英国人，天文学家和氦的发现者之一）创立，首版于当年11月4日。洛克耶爵士作为《自然》的第一位主编，卸任于1919年。
创刊至今，《自然》一直被科学界各个领域的研究人员所关注，众多原创性、突破性以及跨学科的新颖科研成果在《自然》上进行发表，也使得该刊具有极高的科研影响力。据汤森路透集团最新的2014年期刊引证报告（Journal Ci-tation cvReports），《自然》的影响因子高达41.456，为综合类期刊最高者。
《自然》的出版商为自然出版集团（Nature Publishing Group），原属麦克米伦出版有限公司。旗下还有《自然生物学技术》、《自然细胞生物学》、《自然临床实践》、《自然纳米技术》等系列子刊。2015年，由自然出版集团、帕尔格雷夫・麦克米伦、麦克米伦教育、施普林格科学与商业媒体合并成立施普林格・自然集团（Springer Na-ture），跃居世界第一学术书籍出版公司。
2014年11月13日，自然出版集团首次正式推出了反映科研质量的自然指数（Nature Index ，简称NI指数）。自然指数是自然出版集团向全球科学界成功推出的一项创新指标。其核心理念是基于全球自然科学领域68种重要学术期刊上发表的研究成果，测量全球范围内各个国家地区和各大科研机构的某一时段的科研发展水平。
自然指数的策划长达数年，自然出版集团遴选出一批世界公认的顶级期刊，这些期刊的选择不仅是基于影响因子的考量，更重要的是必须基于科研人员本身对于期刊的认识与认同，藉此以反映全球高水平科研的总体情况。因此，自然出版集团追踪了约6万篇优质科研论文的作者单位信息，涵盖全球2万多家科研机构和高校，最终选取定68种期刊。这68种期刊只占世界期刊总量的0.6%，但其引用量约占自然科学期刊总引用量的30%。发表在这些期刊上的论文，从一定程度上代表了全世界的高水平研究成果。
自然指数刊物由全球在职科学家所组成的两个独立评选小组选出，分为物质科学小组与生命科学小组。组长分别由伦敦大学学院John Morton教授和伦敦国王学院Yin-Biao Sun博士担任。小组成员由各领域知名科学家组成。除了知名专家选拔外，为了使得选出的期刊确实能够代表各学科领域的高水平研究，并且更具权威性，评选小组还对全世界各大高校与科研机构进行了一次大规模的调查，该调查共收到包括南京大学在内的2800多个回复。自然出版集团将68种期刊划分为化学、物理、地球与环境、生命科学四个领域。其中化学18种期刊，物理22种期刊，地球与环境科学12种期刊，生命科学35种期刊，部分期刊从属于多个领域。
需要注意的是，尽管自然指数考量的论文来自68种期刊，但并非这些期刊中所有的文章都会被计算。
《Nature》执行主编自然出版集团大中华地区总监尼克・坎贝尔指出“自然指数以一种独特的视角反映了中国科研的持续成长，尤其是高质量科研产出的增长……自然指数提供了一个评价科研论文及其贡献机构的新方法。通过聚焦于研究人员选出的一小部分期刊，我们希望能提供一种新层面的分析，并更有针对性和适应性。我们期望使用者能梳理出科研的模式，关注趋势，分析各项实力，并了解机构和国家如何进行合作。”
自然指数以12个月为时间窗口滚动计算，通过三个指标进行考量。分别为：文章数量（Article Count，简称AC）；分数式计量（Fractional Count，简称FC），该指数反映的是每个作者对一篇文章的贡献度；加权分数式计量（Weighted Fractional Count，简称WFC），该指数反映的是加了权重的FC值。
具体计算方法如下：首先将一篇文章总的FC值定义为1。如果NI刊物上的一篇文章中有N个作者，那么每个作者得到的FC值为1/N；如果其中一个作者分属于A个单位，那么他的FC值为1/(N*A)，所属的单位越多，其获得的FC值越小。
对于物理而言，存在一个特殊情况。其中有4本刊物是有关天文学的。经统计，全世界发表在这4本天文学刊物上的论文数占天文学领域所有刊物论文数量的50%，该比例是其他三个领域同类比例的5倍。为了保持平衡，在计算物理领域NI指数的时候，要将4本天文学刊物上论文作者的FC值乘以权重1/5，从而得出加权分数式计量（WFC）值。即，WFC=1/5*FC。
而在化学、生命、地球与环境三个领域中，由于权重为1，所以FC值与WFC值是相同的。统一到各领域，一个机构在某领域的NI指数就是将该机构的所有作者发表在该领域NI期刊上的WFC值作加和，即：NI指数=∑WFC。而机构的自然指数则是该机构在各领域获得的WFC值之和。由此可见，一个机构独立完成的论文数量越多，或者该机构作者在所发表论文中所占比例越大，对其自然指数的贡献将越加显著。
2014年自然指数发布至今，已有Nature Index 2014 Global、Na-ture Index 2014 China、Nature Index 2015 Asia-Pacific、Nature Index 2015 Global、Nature Index 2015 Collaborations、Nature Index 2015 China、Nature Index 2016 Japan、Nature Index 2016 Saudi Arabia等8份报告展现给全球科研及管理人员。2016年4月20日首次发布2016自然指数排行榜（Nature In-dex 2016 Tables），并展示了最近四年的各年度指数。
近年来，南京大学在自然指数上的表现稳步提升，与自然出版集团的合作也日益紧密。
●南京大学在2014和2015自然出版集团发布的“自然指数”年度报告中，分别位列全球第38位和第27位，并在中国高校中分别位列第3位和第2位。
●2014年12月18日，自然出版集团正式出版的《2014自然指数-中国》（Nature Index 2014 China）中，专门刊登了对于南京大学2014自然指数的评论。同期，我校牵头的“人工微结构科学与技术协同创新中心”介绍及对中心主任访谈的报道也出现在《自然》读者的视野中。
●2015年4月30日，在Na-ture正刊及Nature Outlook上，介绍了南京大学整体情况，并对南京大学四大科研领域的科技成果进行了简要介绍。
●2015年11月，在《自然指数2015-合作》（Nature Index 2015 Collaboration）上刊载了南京大学配位化学国家重点实验室的介绍和科研成果。
●2015年12月8日，自然出版集团主办的2015科研・创新・创业国际研讨会上，我校陈洪渊院士荣获中国南方区域杰出导师终身成就奖。
●2016年3月1日，自然出版集团与南京大学正式签约，合作出版开放获取期刊NPJ Quantum Materials （《NPJ-量子材料》），成为自然出版集团在中国推出的为数不多的“自然合作期刊”（Na-ture Partner Journal, NPJ）之一。
●2016年4月21日，首次发布的2016自然指数排行榜（Na-ture Index 2016 Tables）显示，南京大学位于全球科研机构第25位，全球高校第20位，在亚太地区科研机构、高校中均位于第4位，中国高校第2位。同时，2014-2015年南京大学自然指数增幅达18.6%（213.92-253.62），为全球机构前30位中增幅最高。在物理学领域，南京大学位于全球机构第26位，中国高校第4位，同时2014-2015年物理领域的自然指数增长16.3%（69.95-81.36）；在地球与环境科学领域，南京大学成为中国除中科院之外全球排名最高的机构，位于全球机构第40位，中国高校第1位，同时2014-2015年地球与环境科学领域的自然指数增长14.0%（15.05- 17.14）。
近年来，南京大学作为一所以基础研究见长的研究型大学，以提升利用科学研究聚焦国际热点、解决国家重大战略问题和服务国民经济的原创能力为宗旨，围绕建设世界一流大学和一流学科的目标，利用其深厚的基础研究实力和创新举措，稳步提高着自身的科研创新能力和国际影响力。
可以预见，随着南京大学“十三五”规划的进一步落实，五大发展战略、四大保障措施与十七项行动计划，科技创新和人才培养体系创新两个创新，以认识客观世界基本规律、面向经济社会发展重大需求为驱动的科技创新“十百千工程”等举措逐步实施，越来越多有着南京大学烙印的高水平研究成果必将涌现于国际舞台。
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