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2005年在校全日制研究生总数9964名。其中博士生3197名、硕士生767名。在研究生招生规模基本稳定的前提下，南京大学研究生院积极组织招生宣传，努力提高优质生源比例，2005年硕博连读人数达到201人，占博士生录取规模的23%，推荐免试硕士生523名，占硕士生录取规模的22%；同时注重制度建设，强化规范管理，认真落实中共中央《建立健全教育、制度、监督并重的惩治和预防腐败体系实施纲要》的精神，修订了《南京大学研究生招生纪律》、制定了《南京大学研究生招生保密条例》；结合本职工作，进行计算机管理、招生改革的探索和研究，2005年在《中国高教研究》等全国中文核心期刊发表《试论研究生招考分离制度》等8篇论文。
2005年继续加强研究生课程建设，组织240门核心课程的中英文授课大纲的编写工作，同时对已建设的109门研究生课程开展成果调查，其中出版教材35部、17门课程的教材已列入出版计划、43门课程编成讲义、42门课程做成多媒体课件、14门课程建成网络课堂。在教育部开展的推荐研究生教学用书评选中，2005年我校有5部入选，目前入选总数为25部，连续三年位居全国高校之首。
为适应研究生教育的发展以及国家对高层次人才的需求，合理配置教育资源，研究生院就“研究生学制”课题开展一系列的调研工作。从导师问卷调查反馈情况来看，66.5%的导师认为现有研究生学制应该进行调整、65.6％的导师认为可以试行硕士生的学制由3年调整为2年、博士生学制由3年调整为4年。在与国内外高校学制比较分析的基础上，结合我校的具体情况，经南京大学学位评定委员会论证、校联席会议决定，从2006级研究生开始，南京大学硕士生基本学制调整为2年半。
由教育部批准成立的“南京大学研究生创新中心” 物理学、化学、地质学三个中心分别举办了研究生学术论坛，并在研究生创新培养方面开展了大量的工作，2005年取得初步成效。物理学研究生创新中心获南京大学优秀博士学位论文4篇、首届全国部分高校研究生数学建模竞赛二等奖1项，以研究生为第一作者在Phys.Rev.Lett.发表论文3篇、 JAC1篇；化学研究生创新中心2005年获全国优秀博士学位论文2篇、第四届“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛金奖和铜奖各1项、2005年第二届中国青少年科技创新奖1项；地质学研究生创新中心开展了“地质学研究生创新、培育项目”评选活动，经专家评审，批准了12份申请立项。
全面实施我校“985”二期研究生创新工程项目，包括科研创新、国际学术交流、优秀博士论文培育、个性化培养、研究生核心课程建设等，并拟定了“南京大学研究生创新工程项目管理条例”。同时，我校12位博士研究生获得江苏省研究生培养创新工程项目。在2005年全国研究生教育创新计划工作会议上，我校以“瞄准国际前沿，培养创新人才”为题作了大会主题报告，受到国务院学位办领导好评并推荐刊登在2005年第一期《学位与研究生教育》专稿栏。
2005年我校3篇博士学位论文入选全国优秀博士学位论文；8篇博士学位论文入选全国优秀博士学位论文提名论文，至今我校入选全国优秀博士学位论文总数达22篇；另有9篇博士学位论文被评为江苏省优秀博士学位论文、11篇硕士学位论文被评为江苏省优秀硕士学位论文。
2005年6月8日，南京大学苏州研究生院在苏州工业园区独墅湖高教区正式成立，校党委书记洪银兴和苏州市委书记王荣为苏州研究生院揭牌，4.6万平方米的教学大楼即将投入使用，首期专业学位研究生将在2006年春季入学。
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