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在全国率先提出建设“学科群”和“学科特区”。重点建设微结构物理及其应用等15个学科群，并建立分子医学研究所等5个学科特区。目前我校“211工程”项目建设已取得16项标志性成果。
1、新型半导体异质结构与器件物理研究获国家自然科学二等奖（2004年）2、光电功能配位化合物及其组装获国家自然科学二等奖（2004年）3、几种铁电薄膜和配套氧化物电极材料的研究获国家自然科学二等奖（2005年）4、新型的氧化物磁制冷工质与隧道型磁电阻材料获国家自然科学二等奖（2004年）5、有机杂环化合物在金属表面的化学及电化学聚合获国家自然科学二等奖（2004年）6、伽玛射线暴余辉和能源机制的研究获国家自然科学二等奖（2003年）7、有序、可控硅基量子结构的构筑原理及其在纳光电子器件的应用获国家自然科学二等奖（2003年）8、自旋输运和巨磁电阻理论获国家自然科学二等奖（2002年）9、KAM理论中若干问题的研究获国家自然科学二等奖（2001年）10、树脂吸附法处理有毒有机化工厂废水及其资源化研究获国家科技进步奖二等奖（2001年）11、南京大屠杀研究12、《全清词・顺康卷》13、中国思想家评传丛书14、《新编美国文学史》15、《中华民国史》16、当代马克思主义研究。
●队伍建设
到“十五”期末，我校专任教师达1962人，其中教授654人，中国科学院、工程院院士30人，第三世界科学院院士4人，俄罗斯科学院院士1人，国家杰出青年科学基金获得者75人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授、讲座教授42人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”、“新世纪人才”计划入选70人。
目前，我校有国家“973项目”首席科学家2人，国家科技部攀登计划项目首席科学家4人，国家有突出贡献中青年专家19人，自然科学基金委优秀创新团队5个，教育部优秀创新团队4个，获教育部优秀青年教师奖15人，博士后257人，博士后流动站18个，国家教育部、人事部“百千万人才工程”第一、第二层次培养人选12人。
从2002年底，我校取消职称评审制度，公开招聘教授岗位289个，副教授岗位356个。
●人才培养
开设国家级精品课程18门，国家理科基地品牌课程23门，省级重点建设优秀课程64门，被教育部确定为面向21世纪课程教材35部，被列入全国高校百门精品教材4部，入选全国研究生教学用书9种。
“十五”期间我校获得国家级教学成果一等奖2项，二等奖19项；获得省级教学成果特等奖10项，一等奖24项，二等奖19项。国家科技进步二等奖1项、国家教委科技进步一等奖2项和部委级教材一等奖12项；电教教材获全国二等奖1项；《地球科学教程》获教育部首届CIETE特等奖和首届国家电子出版物奖。
获全国大学生“挑战杯”课外学术科技作品竞赛一等奖8项、二等奖12项，学生创业计划大赛金奖4个、银奖5个，全国大学生数学建模竞赛一等奖11项、二等奖19项。基础学科教育学院学生发表SCI论文近200篇，其中60篇为第一作者。从1999年到2005年，我校入选全国优秀博士论文共计21篇。
●科学研究
从2001年到2005年，我校共获国家自然科学二等奖9项，国家科技进步二等奖1项，教育部提名国家科技一等奖29项，江苏省科技进步一等奖6项。
2001年科技部教育部认定南京大学―鼓楼高校大学科技园为首批国家级大学科技园（2003年7月顺利通过国家评估）。创业中心在孵企业254家，毕业企业60家，为大学生社会实践、创业素质培训及自主创业提供环境和条件。目前已建成8个各具特色的创业园区，面积达20万平方米，现有405家高科技企业，注册资金16亿元。
根据美国科学情报研究所（ZSI）2003年11月1日公布的统计资料，在1993年11月到2003年11月这十年间，我校化学、物理两门学科发表论文总数在世界大学和科研院所的排名分列第34位和第55位。
文科坚持跨越式发展战略，多次承担国家重大研究项目。我校5位专家入选中央实施马克思主义理论研究和建设工程项目课题组。2005年，我校两项课题中标国家社会科学基金重大招标项目A级重大课题，分别获得50万元与40万元资助，A级课题立项数占全国A级课题立项总数的九分之一。“十五”期间，我校哲学社会科学共获得5项教育部哲学社会科学研究重大课题攻关项目，共获得88项国家社科基金项目，经费总额704.1万元。
“江苏发展高层论坛”8年成功举办20次，被江苏省三任省委书记誉为“智囊团”、“思想库”。
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