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100余年的办学历程，60载的历史巨变，形成了南大深厚的文化底蕴，铸就了南大诚朴雄伟、励学敦行的品格。新中国成立以来，南京大学始终保持着青春活力和创新精神，在教学、科研、管理、人才培养、队伍建设等方面不断涌现“创举”，写下了许多“全国第一”。这需要有开风气之先的魄力，需要开拓创新的勇气。
东风第一枝
1978年5月11日，《光明日报》以“特约评论员”名义发表了题为《实践是检验真理的唯一标准》的文章，顿时引起了强烈反响，有人给它扣上“荒谬”、“砍旗”等帽子，有的赞誉它是“东风第一枝”，是“一颗彻底摧毁‘四人帮’反动思想体系的重磅炸弹”，一场全国性的声势浩大的真理标准大讨论由此启幕。这篇具有深远历史意义文章的主要撰写者胡福明，就出自南京大学，时任哲学系副主任、党总支副书记。
这“东风第一枝”绽放于南大校园，是南大哲学、社会科学研究的重大理论贡献，永远是南大人的骄傲。时隔30年，回忆当时写作发表此文的情形，胡福明淡淡地说：“说到底，这篇文章也只不过反映了全党全国人民共同的心声，讲了大家想讲的话。早晚总有人要出来讲话、要出来写文章，要来批判‘两个凡是’，你相信不相信？这是历史的规律。时势决定了需要这篇文章，而我恰好是写了这个题目，恰好比人家早讲了几天，就起这么个作用。”
首倡《大学语文》、率先实行学分制
文革结束后，南大各项工作逐步走上正轨，特别是在匡亚明老校长的领导下，着手进行本科教学改革，对培养优秀人才做出了有益的尝试。
1978年，南京大学试行学分制，成为第一个“吃螃蟹”的。解放后相当长一段时间，我国大陆高校由于套用前苏联的办学模式，一直采用学年制。南大允许学生修满应修课程，达到毕业学分要求时提前毕业，以利于适应学生各自的基础、兴趣和不同特点，让“腿长的跑得快些，肚子大的吃得饱些”。由于实行学分制，1978级学生中有145人提前毕业；1993年获美国“总统青年研究奖”的夏志宏，1994年获美国科学基金会和美国国家科学委员会“沃特曼奖”的田刚，都是改革开放后南京大学培养的头两届本科毕业生。
针对当时相当一部分大学生语文水平低下的问题，匡亚明十分感慨“试问连祖国语文这一基本武器都不能掌握，如何能理解科学知识和完善地表达科研成果呢”？在他的倡导下，从1979年开始，南大在一年级新生中开设了中国语文课作为全校必修课，匡老亲身登坛施教。在南京大学的影响示范下，全国大学陆续开设《大学语文》。2006年9月，国家教育部发布《国家“十一五”时期文化发展规划纲要》，再次强调《大学语文》的重要性。
留学不需出国的绿地
1979年，率领中国大学校长代表团访美的老校长匡亚明先生与霍普金斯大学校长史蒂文•穆勒举行了历史性会晤，开启了南大与霍大合作的大门。1986年，在中美政府的大力支持下，“南京大学―霍普金斯大学中美文化研究中心”宣告成立，被世人誉为“留学不需出国的绿地”。这是中国改革开放以后最早的高等教育国际合作长期项目。
中美文化研究中心旨在培养从事中美双边事务和国际事务的专门人才，同时它也培养有关领域的教学科研人员。多年来，已经有来自中国、美国和其他国家的1800多名具有杰出才能的学生从中美文化研究中心毕业，他们活跃在中美两国以及世界各地的政府、企业、高校、科研机构、媒体、非政府组织等各个部门。
作为一个国际化的教学机构，每年都有许多重要的客人前来访问，包括美国前总统布什、中国前国家领导人万里等著名政治家。“中心”每年还会邀请很多国内外资深学者和官员来做客座讲演和研究，近两年，吴敬琏、李道豫、弗朗西斯•福山、傅高义等中外知名学者曾来中心讲演。
在开办20年后的2006年，中心又在证书项目的基础上增加了硕士学位项目。迄今为止，南京大学和霍普金斯大学两校的这一首创性的合作，以及中美文化研究中心的运作方式在全中国仍是独一无二的。无论在美国还是中国，中美文化研究中心都被看作是高等教育国际合作的典范。
835建言与“重中之重”
1983年5月，教育部在武汉召开全国高等教育工作会议。时任南大名誉校长的匡亚明与天津大学名誉校长李曙森、浙江大学名誉校长刘丹、大连工学院名誉院长屈伯川在听取教育部的报告之后，凭着老教育家的远见卓识和高度责任感，四人联名上书中共中央书记处，提出“关于将50所左右高等学校列为国家重大建设项目的建议”，主要内容是建议国家拿出50个亿，重点资助50所高校，使这些学校到90年代，在仪器设备上达到国际先进水平。这一建议受到邓小平及其他中央领导的高度重视,后来逐渐形成共识。“努力办好一批重点大学”的设想转化为国家的战略性决策，后来又进一步发展为90年代计诸实施的“211工程”，以及1999年启动的重点建设“若干所国际一流大学”的“985工程”，对我国高等教育的发展产生了深刻而久远的影响。
教育教学思想大讨论
在南大明确办学思想、创新教育理念的过程中，不得不提到前后四次全校性教育教学思想“大讨论”。
1996年，南大在全国高校率先开展以“我们怎样培养面向21世纪人才”为主题的教育教学思想大讨论，从年逾八旬的老教授、院士，到已经退居二线的校领导，从在任校长、中层干部到中青年学术骨干和在校大学生，分别参加了座谈和研讨。作为开展教育教学思想大讨论的榜样示范，南大此举在国内高教界产生了较大的影响。教育部副部长周远清为该书作序，给予高度评价。
1998年，以迎接教育部本科教学工作优秀评估为契机，以“面向21世纪各类人才培养目标、培养模式、教学内容和课程体系改革”为主题，南大开展了第二次教育教学思想大讨论。
2003年，以创建世界一流大学为目标，又以“如何创建一流大学的本科教育”为主题，在全校范围内开展了第三次教育教学思想大讨论。对“如何确立一流大学的教育价值观”；“如何树立现代大学的人才观、质量观”和“研究型大学本科教学的特点、一流大学本科人才培养目标、模式”等问题进行广泛研讨。
2006-2007年，结合迎接08年教育部组织的本科教学工作水平评估，南大又启动了新一轮的教育教学思想大讨论，其主题为：如何继承百年南大的优良传统，实施具有南京大学特色的通识教育和个性化培养相结合的人才培养模式，培养各行各业创新拔尖的领军人才。学校编写下发了“教学思想大讨论提纲”，召开了研究生和本科生代表座谈会、国家精品课程主持人座谈会、教学督导座谈会、大学生创新训练座谈会等，旨在全面了解南大本科教育教学现状，以理论研究引发观念创新，以对策研究推动实践改革。
科研管理规范出台
1997年年底，南京大学率先在校内开展“整顿学风”大讨论。据悉，该年，上海某大学一青年教师剽窃他人成果的剽窃事件通过媒介曝光后，在高校界和知识界引起很大反响。时任南大校长的蒋树声教授针对某前在学校文风、学风、教风中存在的不正之风，立即召集有关责任部门负责同志认真进行研究，通过校报等舆论阵地进行全校大讨论，挞伐“泡沫学问”以纯净学风，受到师生员工普遍欢迎。其后，结合学风讨论，又开展以“干部政德、教师师德、学生公德”为内容的三德讨论。通过讨论，在师生中形成共识，老老实实做人，勤勤恳恳治学，蔚成风气。
为了进一步巩固大讨论取得的成果，学校组织有关部门的专家和管理人员，成立专项研究课题。做了大量调查研究工作，广泛征求师生意见，许多中科院院士和著名教授在审读了相关初稿后，通过多种途径致信蒋校长，表示坚决支持。
1998年，在开展全校学风大讨论的基础上、我校正式出台了《关于科学研究行为规范的管理办法》，使学术研究实现了规范化、科学化管理，此举在全国当属首创，获得教育界、科技界一致称道。
学科特区
2000年5月，通过对华人学者刘建宁教授所在的哈佛大学医学实验室的成建制的引入，南大第一个“学科特区”―――分子医学研究所正式挂牌。
分子医学研究所的建立用的是“特区速度”。1999年10月，时任校长的蒋树声前往美国参加中美大学校长论坛，了解到以刘建宁为首的哈佛大学心血管实验室具有国际一流水准，其研究人员各有建树。于是，蒋树声专程去拜访这位杰出校友。数小时的倾谈，促成了一个富有想象力的设想落地生根。
建立“学科特区”是南京大学有针对性地重点建设一批一流学科的一个创新思想。自2000年起，南大先后建立起分子医学研究所、地球系统科学研究所、理论与计算化学研究所、现代数学研究所、模式动物研究所等五个“学科特区”，它们与校内的相关国家重点学科、国家重点实验室互为呼应，互为支撑，构成具有强势的学科集群，激活了追赶世界先进水平的学科力量。
“学科特区”以“学科新、效益高、机制活”为特征，经过几年的建设，它对南京大学的学科发展产生了“引入式”的鲶鱼效应，初步释放了巨大的潜能，这些特区先后承担了国家自然科学基金、国家杰出青年基金等多项任务，产出了一些有重大影响的科技成果。
2005年，南京大学将理科的“学科特区”模式推广到人文社会科学领域，成立了南京大学人文社会科学高级研究院，这一全新的科研运作模式有利于打破现有院系的界限和本位主义，整合人文社会科学力量，促进学科交流和交叉学科研究，形成了新的学科建设“亮点”。
创建一流大学的宏伟目标
作为一所百年学府，南京大学有着志存高远、追求卓越的气度。
南京大学创建一流大学的决心，是在80年代中期借助奋发图强的号召成为全校师生员工共识的；而创建一流大学的谋略和思路，也是在80年代中期以后逐步明晰和成型的。
1984年12月，南大首届教职工代表大会召开，会上审议通过了《南京大学1984―1990年发展规划》，明确提出了学校发展的方向―――“建设成为人文科学、社会科学、自然科学、生命科学、技术学科和管理科学等多学科协调发展的，自己鲜明特色和重要国际影响的社会主义教育、科研中心”。这一发展规划突破了南大在50年代初院系调整后形成的文理型学科结构，以建设真正的文理综合型大学为努力目标。
1999年，在教育部与江苏省重点共同建设南京大学的协议签署后，学校制定《南京大学创建世界高水平大学规划》，明确了“奋斗目标”：到2012年建成世界高水平大学，到2020年或更长一段时间，争取跻身世界一流大学行列。“创建世界高水平大学”的总体思路依然是以“学科建设为龙头、队伍建设为核心，通过20多年的努力，大部分学科要在国内居于领先，若干学科要在国际上具有重要影响和教强的竞争力”。
迈入新世纪以来，南大在没有合并的基础上，坚持自己的办学特色，走符合自身特点的发展之路。在2009年南大第九次党代会上，校领导回顾历史、总结经验，坚持以科学发展观为指导，深刻把握当前情况下学校发展呈现出的新的阶段性特征，提出了新的“两步走”的总体建设战略目标：
第一步，从现在起，到2012年，即建校110周年时，学校在人才培养、科学研究、技术创新、社会服务、国际交流诸方面形成显著特色，文理工医四大学科领域协调发展，整体办学实力达到世界知名高水平大学的要求。
第二步，从那时起，到2022年，即建校120周年时，学校的科技创新能力、师资队伍水平、人才培养质量等若干关键指标达到世界一流大学的要求；大部分学科在国内居于领先，某些学科群接近世界一流大学水平，若干学科方向达到世界一流。到21世纪中叶，全面实现建成世界一流大学的奋斗目标。
这一新的“两步走”战略目标更加实事求是，目标也更明确，符合南大实际和办学特色，坚定了南大人创建世界一流大学的决心。特别是在深入学习实践科学发展观的今天，全体南大人正信心倍增，满怀憧憬，“开拓创新求突破、科学发展建一流”，谱写新百年征程中南京大学的新篇章。
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