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目前，南京大学正在实施的本科生“三三制”人才培养模式，是体现我校人才培养的“学科建设与本科教学融通、通识教育与个性化培养融通、拓宽基础与强化实践融通、学会学习与学会做人融通”新理念、推进实现南京大学“办中国最好的本科教育”宏伟目标的基本策略。匡亚明学院作为南京大学乃至教育部教育改革和杰出人才培养的创新试点单位，如何在拔尖人才本科教育实践中继续发挥她的引领作用，如何为实现南京大学的办学目标而作出新的贡献？综观匡亚明学院的发展历程，我们认为挑战与机遇并存，勇于开拓创新、努力扎实工作是关键。
匡亚明学院的发展先后经历了少年部（1985年），基础学科教学强化部（1989年），基础学科教育学院（1998年），到更名为匡亚明学院（2006年）共四个阶段，时间跨度已有27年，硕果累累，取得了显著的成功。一方面先后培养了2000余名从事物理、数学、化学、生物和相关交叉学科的高素质、高水平的青年研究人才；另一方面，其“以重点学科为依托，按学科群打基础；以一级学科方向分流，贯通本科和研究生教育”大理科培养模式，已在国内甚至国际上产生了重要影响。经过近三十年的探索与实践，匡亚明学院大理科人才培养的创新模式不仅丰富了高等学校理科人才培养的理论内涵，更在实践中对国内高校产生了积极的示范作用。在过去的10多年中，匡院大理科优秀学生培养模式的经验陆续在校内得以推广，也延伸到了大地学和大文科人才培养改革探索中，并培养了一批优秀人才。匡亚明学院过去的成就是全校方方面面支持的结果，未来的发展仍然需要各方面的共同努力和支持。
近几年来，随着国家经济实力的提升，国家教育政策的改革创新和教育经费投入加大，特别是在近期，教育部启动了“基础学科拔尖学生培养试验计划”，对国内高校本科人才培养的内涵和方式提出了新的和更高的要求。该计划主要是针对数学、物理、化学、生物、计算机科学等学科及其交叉学科的拔尖人才培养，匡亚明学院的办学方式如何适应这样新的拔尖人才培养形势和需求，经学校讨论，确定匡亚明学院的功能作相应转换和调整：一、明确办学定位。匡院的办学将主要针对大理科拔尖人才的培养和数学、物理、化学、生物、计算机科学等学科基地拔尖人才阶段性培养。二、聘任专职教师。引进和聘任国内外从事数学、物理、化学和生物基础学科及其交叉学科的高水平教学科研专职教师，主讲相关学科基础和骨干课程，并从事基础学科的理论及其交叉课题的研究，建立一支隶属于匡亚明学院的高水平教学科研师资队伍，充实南京大学基础学科及其交叉研究的实力，并建立交叉学科研究院。三、深化教学改革。设立“匡亚明讲席教授”，主讲数学、物理、化学、生物等基础学科骨干课程，负责相应学科课程研究性教学团队的建设、组织和运作工作。针对拔尖人才培养的特殊要求，进行有关课程体系创新改革和建设，建设多门研究性教学课程，开展小班互动研讨式和双语教学，全方位指导和训练拨尖学生的科学素养。四、加强国际交流。进一步加强国际化教学、人才培养交流合作，探索国际化人才培养的新途径，特别是开拓与国际名校之间的交流合作,提升匡院在国际上的影响和地位。
匡亚明学院期望在全校相关院校和单位的强力支持下，对接世界一流大学和南京大学“三三”制教育体系，升华大理科教育模式，建设一支一流的师资队伍，做好基础学科及其交叉学科的精英拨尖人才培养和基础学科及其交叉学科的科学研究工作，为实现南京大学“办中国最好的本科教育”宏伟目标尽绵薄之力。
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