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党的十六大以来，在学校党委的领导下，全校基层党组织和广大党员以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，按照学校第八次、第九次党代会确定的目标任务，改革创新、求真务实，积极开展保持共产党员先进性、深入学习实践科学发展观、创先争优等主题活动，着力提升我校组织工作水平，为学校创建世界一流大学努力提供坚实的组织保证。2011年建党90周年之际，南京大学党委***中央表彰为“全国先进基层党组织”。
围绕中心，服务发展
自“985工程”实施起，学校党委组织开展了“党组织和党员在创建世界一流大学中如何发挥作用”的主题教育活动，教育引导党员以实际行动投身创建工作。在创建过程中，全校基层党组织积极探索党建工作与中心工作的切入点，努力使党组织的创造力、凝聚力和战斗力成为事业发展的推动力。例如：各院系党委注重推动在学科团队、重点实验室、重大项目组等教学科研单位上建立党支部的尝试。电子学院党委将支部建在学科上，教师和博士生联合组建支部，通过师生之间的交流和互动，既增强了支部活力，又促进了学科发展。大气学院党委在中尺度灾害性天气教育部重点实验室建立党支部，充分发挥了党组织的凝聚力、战斗力和创造力，为大气学科在2009年全国学科评估中名列第一做出了重要贡献。2010年，第19次全国高校党建工作会议介绍和推广了南京大学“支部建在学科上”的做法和经验。
“985工程”二期提出要在院系的体制之外建设一批高水平的科技创新平台，全校各级党组织开展了广泛深入的党组织共建活动，促进学科交叉和科研协作，整合和优化办学资源。物理学院党委和化学化工学院党委开展党组织共建，有效推进了“物质科学”研究平台建设和“南京微结构国家实验室”的筹建工作；研究生院党支部与化学化工学院博士生党支部共建，努力在“如何推进高层次创新型人才培养”方面进行探索；地球科学学院党委与华东有色金属地质勘探局党委共建，推进科研合作，实现优势互补；环境学院党委和扬子石化水厂党委共建，不断提高服务社会水平；社会学院党委和南京市建邺区民政局党工委共建，通过社区将高校的思想文化创新成果传授给广大市民。
“985工程”三期建设中，学校党委结合创建世界一流大学的目标和阶段性发展任务，以“创一流业绩、建一流大学”为主题，深入开展创先争优活动，加强和完善业绩考核，教育、引导和激励全校党员干部、师生员工在各自岗位上创造一流业绩，进而提升学校核心竞争力。根据院系和部处的各自特点，在考核内容设置上凸显工作导向。针对院系，制定完善了《南京大学院系科学发展评价考核指标体系》，从科学研究、队伍建设、学科建设、人才培养、国际化办学等方面进行考核，旨在提高院系的办学质量和办学水平。针对机关部处，着重考核师生满意度以及各单位配合、支持和完成学校年度重点工作情况，包括各单位围绕学校年度重点工作所采取的措施及成效、学校学期工作要点中涉及各单位工作的完成情况及其成效，旨在提高部处的管理效能和服务水平。
学校党委还紧密结合学校发展中的重大问题和师生员工普遍关注的重要问题开展工作。例如：2009年，通过开展深入学习实践科学发展观活动，学校工作在5个方面取得了突破，即形成符合学校实际的中长期学科发展规划思路、出台创新型人才培养的教学改革方案、推进学校管理体制机制的改革与创新、加强党风校风学风建设、让师生员工在学校科学发展中得到实惠。
与时俱进，创新载体
随着社会环境的变化和高等教育的不断发展，高校党组织所承担的任务越来越繁重，传统的组织工作内容和方式受到越来越多的挑战。全校各级党组织以改革创新的精神开展工作，构建了许多新的工作载体，推动了基层党组织工作的发展。
2005年3月26日，时任国家审计署审计长的李金华同志成为南京大学“部长论坛”的开讲嘉宾。“部长论坛”主要是邀请担任省部级职务的领导同志来校做报告，让党员干部和师生员工切身感受中国特色社会主义事业所取得的巨大成就，深得广大党员和师生员工的好评。自创办以来，“部长论坛”已举办了24期，全国人大外事委主任李肇星、国家新闻出版总署署长柳斌杰、国家建设部副部长仇保兴、教育部副部长赵沁平、江苏省委常委杨卫泽、蒋宏坤等24位部长级领导同志都曾是“部长论坛”的嘉宾，为党员干部和师生员工做了一场场生动形象的形势政策报告。
如果说“部长论坛”是高层论坛，那同样是党员教育载体的“先进性在基层”系列讲座则关注基层。近年来，学校党委先后邀请原江阴市华西村党委书记吴仁宝、江苏省泰州市信访局长张云泉、知识型工人楷模邓建军、民营企业家斯威特公司董事长严晓群、武警某部副政治委员丁小兵、中科院院士邓绵平等来自农村、企业、部队、机关、科研机构的优秀共产党员来校做个人事迹报告。通过这些先进事迹报告，党员干部和师生员工真切感受到学有榜样，进一步增强了创建世界一流大学的精神动力。
针对基层党建工作中的重点难点问题，例如：院系党政共同负责制、院系党建工作责任制、研究生党建、本科生党建、教师党支部建设、党员如何发挥作用等，学校党委采取“项目建设、典型引路”的方式努力解决。2009年底在具有一定工作基础的党组织中创建8个“基层党建工作示范点”，提炼总结工作经验，形成具有创新性、指导性的工作成果和一系列制度文件，并有计划、有步骤地在全校范围内进行推广，通过典型引路、以点带面，从而整体提高学校基层党建工作水平。我校“基层党建工作示范点”的做法得到了上级党组织的充分肯定，在2010年江苏省委教育工委表彰的5个“江苏省高等学校先进基层党组织标兵”中，我校环境学院党委和大气科学学院灾害性天气教育部重点实验室党支部同获殊荣，2012年化学化工学院院党委被江苏省委组织部表彰为全省创先争优先进集体、商学院2008级本科生经济一支部被江苏省委教育工委评为全省高校创先争优先进集体，这四个基层党组织都是校内重点建设的示范点。
此外，各级党组织还通过“志愿者服务团”、“党员学生工作助理”、“党员学导”等载体，发挥党员在日常生活中的引领示范和先锋模范作用。其中，“党员学导”的做法曾被《光明日报》、《教育部创先争优活动简报》报道，2011年被评为江苏省高校党建工作创新奖。
选贤任能，强化培训
高素质的高校管理干部队伍对于学校的发展至关重要。为此，学校党委一方面积极推进干部人事制度改革，拓宽选人用人渠道，选拔任用“想干事、能干事、干成事”的干部；另一方面，着力加强干部能力建设，加大培训力度，提高干部的大局意识、服务意识、合作意识和创新意识，更好地为干部成长和学校发展服务。
学校党委积极探索干部提名推荐方式，把好干部选任初始关。通过这几年的探索和实践，现在学校在干部选拔任用中的提名有公开推荐、常委会集体推荐、分管校领导推荐、组织部门推荐、业务部门推荐、群众推荐、个人自荐等多种方式。实际工作时，根据岗位的具体情况由常委会决定采用何种方式进行提名。无论采取什么方式提名，都由常委会集体研究，在推荐结果相对集中的人选中确定考察对象。
根据高校的特点，学校党委稳步推进竞争性选拔干部方式。在学工干部任用时，较多地采取公开选拔、竞争上岗。选拔任用党委常委、校长助理、机关干部时，较多地采取公开推荐，进行差额推荐、差额酝酿、差额票决。近两年来，通过公开选拔、竞争上岗，选任团委副书记4人，院系党委副书记5人；通过公开推荐，选任党委常委、校长助理、机关干部17人。积极探索高层次人才引进和干部选拔相结合的方式，最近两年中面向全球招聘了3位学院院长。
根据学校事业发展的需要，学校党委切实抓好培养选拔优秀年轻干部工作。积极创造年轻干部成长的条件和空间，注重在学校重大活动中锻炼、发现年轻干部。制定并实施《南京大学青年管理骨干培养计划实施办法》，遴选具有较强管理能力和发展潜力、工作实绩显著的青年管理干部，作为学校管理干部队伍的骨干力量进行培养。自2009年第九次党代会以来，提任70后干部42人。
学校党委始终坚持把干部教育培训工作作为推动科学发展的战略任务和基础工程，制定了《关于进一步加强我校干部教育培训工作的若干意见》。围绕学校的中心工作，学校每年提炼一个主题进行干部培训。例如，2009年干部培训的主题是“科学发展”，2010年的主题是“依法治校”，2011年的主题是“创先争优”，2012年的主题是“提高精气神”。
根据不同层次干部的实际需求，学校切实加强干部的分类培训，提高干部培训的针对性。中层正职干部的重点培训班是“科学发展研讨班”，着眼于学校发展的关键问题，组织各单位主要负责人进行工作研讨，以提高中层正职干部的创新能力和执行力；中层副职干部的重点培训班是“同岗位类型干部培训班”，主要是组织教学管理、科研管理、学生管理、党务管理等各条战线的干部进行业务培训；年轻干部的重点培训班是“青年管理骨干培训班”和“青年学术骨干培训班”，2011年开始，启动了“青年管理干部境外研修计划”，主要是培养青年干部、青年教师的管理素养。
建章立制，突出规范
制度具有根本性、全局性、稳定性和长期性。党的十六大以来，学校党委高度重视制度建设，积极推进制度创新，注重用制度和机制来巩固、发展工作成果，努力提高组织工作的规范化、科学化。
针对高校办学重心下移的趋势，学校党委积极推进院系党政共同负责制，2006年制定了《南京大学院（系）党政联席会议议事规则》，对院（系）党政联席会的议事范围、议题决定、会议召开、议事程序、决定和决议的执行与反馈等事项作了详细规定。在此基础上，还积极探索院系教授委员会、学术委员会、教学委员会等制度，健全院系工作机制。
2009年，学校第九次党代会上明确提出要实施党代表任期制。随后，制定并下发了《中国共产党南京大学代表大会代表任期制实施办法（试行）》，规定了党代表的权利与职责，提出党代表行使代表权利、履行代表职责主要是参加学校党代表大会和学校党委、所在单位党组织开展的活动，明确了党代表开展工作的10个主要途径。以实施党代表任期制为重点，完善了党代表开展工作的具体途径，丰富了党内民主建设的内涵。
近年来，我校学生党员数量不断增加。至2012年6月30日，我校研究生党员比例为40.66%，本科生党员比例为15.82%。为保证党员质量，学校制定实施了《关于建立南京大学大学生党员质量保障体系的实施意见》，以建立大学生党员质量保障体系为重点，在党员发展的标准、程序和关键环节上都作了严格规定，突出强调了党员发展的制度建设和党员发展后的再教育。特别在党员发展上，通过理论育人、文化育人、实践育人，积极推行入党过程记实制、公示制、票决制等制度，提高党员发展工作质量。2012年6月，学校党委在全国高校学生党建工作现场经验交流会上作题为《加强中国特色社会主义理论体系教育，坚定学生党员的理想信念》的典型经验介绍。
学校党委十分注重巩固和发展干部工作的制度成果。近年来，以《南京大学中层党政领导干部选拔任用工作实施细则》为主体，建立和形成了提名推荐、组织考察、任前公示、空缺岗位通报、干部诫勉谈话、干部重大事项报告、干部任期经济责任审计等一整套干部工作制度。根据中央《2010―2020年深化干部人事制度改革规划纲要》精神，针对学校事业发展需要和干部队伍建设的实际，制定了《关于进一步加强我校干部队伍建设的若干意见》。在此基础上，以《南京大学中层干部选拔任用提名办法》、《南京大学中层干部任期制实施办法》、《南京大学中层干部考核方案》、《南京大学科级干部管理办法》等文件作为配套，确保各项干部工作都有章可循。2012年6月，学校党委顺利通过中央组织部的选人用人工作检查。
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