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郭影秋校长自1957年至1963年担任南京大学校长兼党委书记，不仅为南京大学的建设和发展作出了杰出的贡献，在南大师生的心目中树起了不朽的丰碑，还在承担异常繁忙的党务和行政工作的同时，倾注心力，倡导并带头开展对明清之际人物的研究，培养研究人才，加强学科建设，筹建明清史研究室，为南京大学的明清史研究坚实了基础，近半个世纪以来，南京大学明清史研究方向的师生时时深切地感受着这一点。
其一，郭校长率先示范，研究明末农民战争史事，以实证精神和思辨精神，撰写了专著《李定国纪年》（1960年由上海中华书局出版），对明末农民起义领袖李定国的研究作出了开创性贡献。为了撰写此书，郭校长放弃休息，焚膏继晷，投入研究。时任江苏省委副书记的彭冲回忆：“影秋同志在担负学校繁重领导工作的同时，还利用业余时间从事学术研究，出版了专著。我记得当时，他正在研究明末的历史，经常在节假日到各图书馆查阅文献，搜集资料。”郭校长回忆起在南大的时光时也说：“1959年当我在学校的各种场合反复强调‘坐下来，钻进去’、‘认真教学’、‘认真读书’时，我个人也想方设法地排除干扰，深入教学与研究第一线，一方面给本科生讲授‘南明史’专题，指导研究生论文；另一方面又进一步搜集有关明末清初农民军及其领袖李定国的机会，跑南京图书馆、北京图书馆，借阅有关图书资料，终于在1959年写成，并于1960年在中华书局上海发行所出版了《李定国纪年》一书。”
其二，加强学科建设，培养明清史研究人才。拟定南明史籍整理计划，并与历史系的学者一起为谢国桢先生的史籍整理名著《增订晚明史籍考》增补资料、提供帮助，南京大学从而在明清史料特别是南明史料的搜集和整理方面作出了贡献。
先师洪焕椿先生追忆：“早在一九五七年，郭影秋校长很希望在南京大学培养一支明清史队伍。他带头编写了一本《李定国纪年》……还亲自组织校内教师和校海**家家，准备校点七十种《明季史籍丛刊》。一九六二年系里开始招收明清史研究生，还一度协助谢国桢先生核对、增补《晚明史籍考》。……在校海**家家学者的支持下，我们筹建明清史研究室，把研究方向定为明清江南经济史和明清农民战争史。在郭校长的倡导下，我校召开了‘李定国和郑成功学术讨论会’，郭校长和我系胡允恭教授及我，都写了文章。”著名明史专家谢国桢先生在其名著《增订晚明史籍考》中说：《晚明史籍考》“又承郭影秋同志和南京大学历史系同志们提出修改意见，增补了颇多的资料，定名为《增订晚明史籍考》”时任南京大学历史系主任助理的茅家琦先生回忆：“第三件是1960年我曾经找郭校长谈历史系学科建设问题，当时系内有三位教授、两位讲师从事南明及清朝史研究”，南京市亦有两位老专家研究南明史，学校有很丰富的南明及清朝史资料，郭校长支持我建立清史研究室的计划。”
此外，为了培养后续研究人才，郭校长不仅集中南大的研究力量，而且专门聘请时在南京图书馆任职、主持《江苏通志稿》整理工作的南明史专家钱海岳先生到南大历史系讲课。钱海岳先生有志于撰修南明史，长期倾力于南明史料的搜集，撰有《南明史》，是当时极为难得的南明史专家。其所撰120卷、359万余字言的《南明史》由中华书局于2006年5月出版。
其三，在郭校长的主持和感召下，南京大学从此在明清之际历史和明清农民起义研究方面发表了一系列论著，成果累累，成为全国研究明清交替历史和农民战争的重要学术阵地。如洪焕椿《中国古代农民起义和农民战争的相互联系及其区别》（《江海学刊》1961年第4期），《李定国和郑成功三百年祭》（南京大学学报）1962年第3期，《明末农民战争史略论》（江苏人民出版社1962年），《对顾炎武政治思想的重新评价》（《南京大学学报》1964年第1期），《清初农民军的联明抗清问题》（《历史研究》1978年第5期），《李定国简论》（《明史研究论丛》第2辑，江苏人民出版社，1982年）；胡允恭《李自成张献忠起义》（南京大学出版社1986年）；茅家琦先生有关太平天国农民战争的十几篇论文，以及专著《太平天国与列强》（广西人民出版社1992年）和主编的《太平天国通史》（南京大学出版社1991年）等。如此成果累累，追根溯源，与郭校长的倡导不无关系。
其四，郭校长对于明清史研究的擘划、组织和率先示范性的研究，使得南京大学在明清史学科建设上迈开了步伐，并确定了研究方向为明清农民战争史和江南经济史，奠定了日后的明清史研究基础，也对南京大学的明清史研究产生了深远的影响。在郭校长直接领导和倡导下从事明清史研究的洪焕椿先生，扬家学渊源和文献功底之长，后来长期考订浙江地方文献，成《浙江文献丛考》（浙江人民出版社1983年）和《浙江方志考》（浙江人民出版社1984年）两书，又长年从事顾炎武《天下郡国利病书•苏州府部》文献的考索，广泛搜集各种资料，成《明清苏州农村经济资料》（江苏古籍出版社1988年）一书，还注重地方碑刻料的搜集调查，编成《明清苏州工商业碑刻集》（江苏人民出版社1981年）。直到上世纪80年代初，南京大学历史系专门成立南明史料整理课题组，以郭校长当年规划的《明季史籍丛刊》为蓝本，1985年标点了《弘光实录钞》等南明史料八种，1997年由江苏古籍出版社出版。此外，1995年出版了与人合作的《明遗民录汇辑》。80年代起，南京大学的明清史研究主要集中在江南经济史领域，撰著、汇编了诸多论著，发表了专题论文百余篇，都是具体反映。饮水思源，可见郭校长的奠基之功。时至今日，南京大学专门从事明清史研究的，至少有历史系研究明清政治、经济、社会、文化，中国传统文化研究院研究明清人物、学术思想，文学院研究明清文学、戏曲、小说的教授副教授二十来人。克绍箕裘，郭校长有关南京大学明清史研究的宏伟构想，老树正不断开出新花，灿烂绚丽。
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